Община Дупница попада в територията на Басейнова дирекция Западнобеломорски район. Контролът върху състоянието на повърхностните и подземните води е организиран в рамките на националната система за екологичен мониторинг (НАСЕМ). Честотата на пробовземане и схемата на анализи е в зависимост от вида на пункта. Основните показатели, които се анализират, са: температура оС, рН, разтворен кислород, наситеност с кислород, електропроводимост, перм. окисляемост, БПК5, ХПК, разтворени и неразтворени вещества, азотни показатели, фосфати, хлориди, сулфати, нефтопродукти, тежки метали. Наблюдението на качеството на повърхностните води в община Дупница се извършва от пунктове на р. Тополница, преди Дупница и след вливането на р. Джубрена, р. Бистрица, след с. Бистрица и преди гр. Дупница, р. Джубрена, при с. Яхиново, р. Джерман преди и след град Дупница, р. Разметаница преди устието й в р. Джерман, както и на язовир „Дяково“. За територията на община Дупница точкови източници на замърсяване на реките са канализационните колектори на селата Самораново, Яхиново, Бистрица, Червен брег, Крайници, както и градският канализационен колектор на гр. Дупница, който няма връзка с градската пречиствателна станция. Наблюденията на подземните води в общината не показва данни за замърсявания или директни вливания на замърсени води в тях, което определя оценката на качеството им като добро.
Разнообразният релеф, климат, растителност и скална подложка обуславят наличието на разнородна почвена покривка на територията на общината. Характерни за общината са канелените горски почви, смолниците и кафявите горски почви. Срещат се и алувиалните и алувиално-ливадни почви.
Канелено горски почви. Канелените горски почви са широко разпространени в Южна България. Заемат предимно, ниските хълмисти и предпланински райони в тази зона. Стигат обикновено до 700- 800м. надморска височина. Освен това те са разпространени в котловинните полета на Средна и Южна България, където заемат по- високите и добре дренирани части на котловините Хумусното съдържание за тези почви за хумусно-акумулативният хоризонт е високо 4-5 % и постепенно намалява надолу. При обработваемите почви в орницата, то е значително намаляло и е около 2,5%. По тип хумусът най- често в хумусно- акумулативният хоризонт е фулватно-хуматен, а понадолу е хуматно-фулватен; т.е. хуминовите киселини обикновено преобладават или са близо до фулво киселините. Има висока степен на обогатеност с азот. Общо взето хумусът има благоприятен състав и високо качество, но количеството му е силно намаляло при отдавна използваните почви. Съдържанието на усвоим азот е недостатъчно, а и условията за нитрификация не са много благоприятни. Тези почви са слабо запасени с усвоим азот и имат неблагоприятен азотен режим.
Смолниците са глинести (с над 55 % глина), образуващи при суша широки и дълбоки пукнатини. Почвите са слабокисели до алкални с много висок сорбционен капацитет – 40-55 mequiv на 100 g и наситеност с бази над 90%. Хумусирани са добре по целия профил. Съдържат 4-5%, а в нивите 2.5-3% хумус от хуматен тип. Запасите им от общ азот и усвоим за растенията азот са средни. Бедни са на фосфор, но богати на калий и микроелементите желязо, цинк, мед, манган, кобалт и бор. Тези почви са силно свързани, лепливи, пластични и влагоемки. При предел на полската влагоемкост запасяват 1500 – 1700 m3/ha продуктивна влага без нарушена аерация. Поради специфичния глинест състав горните 3-5 см образуват дребнозърнести агрегати, които мулчират орницата. Поради равнинните територии, които заемат, смолниците почти изцяло са усвоени за земезелие- отглеждат се пшеница, ечемик, царевица, слънчоглед, памък. За запазване и поддържане на плодородието са достатъчни обикновените агротехнчески мероприятия. Смолниците са устойчиви почви. Високото съдържание на монтморилонитови глини, високият сорбционен капацитет и неутралната реакция гарантират висока буферна способност срещу замърсяване.
Наносни почви (алувиални, алувиално-ливадни) почви заемат малки площи около заливната и надзаливната тераса на р. Джерман и притоците й. Това са млади почви, които се образуват от съвременните речни наноси. Решаващо значение при формирането им оказват повишеното ниво (от 1 до 3 cm дълбочина) на почвените води, както и различното им обрасване с растителност. заемат площите по поречието на река Марица. Механичният й състав е разнообразен, но най-често се определя като чакълест и песъчлив и по-рядко глинесто-песъчлив. Характеризират се със следните общи особености: формират се винаги на заливната и първата надзаливна тераса на реките; подложени са на периодично (може да не е ежегодно) заливане и натлачване на нови наноси; при естествени условия върху тях расте водолюбива растителност – дървесна (елша, върба, топола, бряст, полски ясен) и тревноливадна (власатка и др.).Поради периодичното отлагане на нови материали наносните почви имат само един слабо или по-добре изразен хумусен хоризонт, под който в дълбочина се редуват различни по песъчливост и химичен състав пластове наслоявания на речните наноси. В България са обособени 6 подтипа наносни почви: бедни (алувиални), богати (алувиалноливадни), тъмни (тъмни алувиално-ливадни), карбонатни (карбонатни алувиално-ливадни), засолени и заблатени. Алувиално-ливадните почви имат само един тънък повърхностен хоризонт– по-тъмен, до 10см, след което има само слоеве, различаващи се по вида на фракцията. Те са със сивожълт цвят и са много плодородни.
Кафяви горски почви. Това са песъчливо-глинести почви. Те са най-широко разпространените почви в планинските райони с над 600 м надморска височина. Тези почви са богати на хумус — до 12%, но хумусното вещество не е много качествено — не е завършен процесът на хумификация. Реакцията е слабо кисела — pH 5,5-6. Средно запасени са с усвоим азот и усвоим фосфор. Нуждаят се от комбинирано торене. На тях обикновено има горска растителност, рядко се използват за земеделие (най-често картофи). В по-високите части на планините кафявите горски почви преминават в тъмноцветни горски и планинско-ливадни. На повърхността обикновено има до 5см горска постилка от мъртви органични остатъци, след което — 10 до 60см — хумусно-акумулативен хоризонт. Фрагментирани са — съдържат островърхи камъни в целия профил. Кафявите горски почви са сред най-подходящите за залесяване с иглолистни гори.